任天堂が、Nintendo Switchの本体のシステムを更新するNintendo Switch システムバージョン 9.0.1をリリースしていました。(ななしさん情報ありがとね)
前バージョンの9.0.0から3週間でのアップデートです。
公式発表の変更内容は以下です。
以前のバージョンからの主な更新内容
9.0.1（2019年10月1日配信開始）
以下の修正を含む、いくつかの問題の修正と動作の安定性、利便性を向上させました。・本体の起動時や使用中にエラーが発生することがある問題を修正しました。
・Nintendo Switch Liteの初回設定中に、Joy-Conを取り外す案内が表示されることがある問題を修正しました。
9.0.0で問題が見つかって修正かけたような内容ですね。
まだリリースされたばかりなので情報が出揃ってはいませんが、今回は本当に9.0.0で実運用上支障があった不具合だけを解消したアップデートだったようで、早々とSciresMから以下の発表がありました。
9.0.1 update is minor enough that Atmosphere 0.9.4 should work with no issues :)
— Michael (@SciresM) October 1, 2019
9.0.1アップデートはマイナーアップデートで、Atmosphere 0.9.4は問題なく動きます。