NES-HACKSで、DSのマジコンでのHomebrew管理に使えそうなRominatorというアプリケーションの紹介がされていました。WindowsだけでなくMacOSX用もありますので非常に重宝しそうです。【記事】

Rominator: NDS Backup Manager

If you have backup games for the Nintendo DS, you might find it hard to organize all of your games. If youre looking for a 3rd party tool to organize all of your games, Rominator might just be what you are looking for!
ニンテンドーDSのゲームのバックアップをお持ちなら全部きちんと管理するのは難しいとお考えになっていることでしょう。バックアップを管理するサードパーティー製ツールをお探しなら、Rominatorがまさにドンピシャです。

Rominator is a tool available for Mac OS X and Windows that is designed for making management and organization of your backed up Nintendo DS Games easy. It allows you to easily store your games in the application, view all of it’s information, organize the way you want, and even get them transferred over to your backup card with merely clicks of a button. To make management easy, many different features have been implemented into Rominator to enhance your experience:
RominatorはMac OS XとWindows用に開発されたツールです。ニンテンドーDSのゲームのバックアップを管理、体系化が簡単にできるように設計されたツールです。アプリケーション内にゲームを簡単に保存でき、そのファイルの情報の一覧表示と、自在な体系化、バックアップカードへの移動が可能です。簡単に管理をするためのたくさんの機能がRominatoには搭載されているので今まで以上にいろんなことができるでしょう。

・Light uncluttered interface
・Organize your game lists the way you want in as many lists desired
・Sort or filter based on game data (such as name, number, size, country, etc)
・Supports .nds, .zip, and .rz (Rominator Zip) files
・Ability to view game information
・Retail game database updated weekly
・Verify your games to make sure they will work properly
・Instant Game Trimming to cut off unused space in your games
・Save Game backup for your precious save files
・Flash Card management
・Cheat Database Updating for your flash card
And much more!
・軽快でまとまったインターフェイス
・好きなように自由にゲームをリスト化
・ゲームデータ(タイトル名、番号、サイズ、国名など)に基づき並べ替えや抽出ができます。
・.nds、.zip、および.rz(Rominator zip形式)のファイルをサポートしています。
・ゲーム情報の表示機能
・週1度のゲームデータベース更新
・正常にゲームが起動するかどうかの確認機能
・ゲームの未使用データ部分をカットするトリミング機能
・大切なセーブデータのバックアップ機能
・フラッシュカード(マジコン)の管理
・フラッシュカード(マジコン)のチートデータベース更新機能
その他いろいろ

ただし注意書きがありまして、公式サイトによると、違法な使い方はしないよう警告しています。

Please note that Rominator or it’s author does not condone or support software piracy in any way. Rominator is meant to be a tool to be used for the games you legally own and have backed up using your own tools. Please do not ask where these games can be illegally obtained; if you like the games, support the developersand purchase the games for play.
Rominator自体も作者もいかなる理由であれソフトウェア著作権侵害を認めませんし、支持もしません。 Rominatorは自分で購入したゲームを自分でバックアップした合法的なもの対して使用するべきツールです。どこで不正入手できるのですか？などという質問はしてこないでください。ゲーム好きなら、開発者をサポートするためにゲームを購入して遊んでください。

以下、ダウンロードリンクです。
Download (Windows)

Download (OS X)

本来はバックアップゲーム管理用になっていますが、ゲームのデータベース更新機能やチート管理機能など不要な機能はあるもののHomebrew管理にも十分使えそうです。