QJ.netで、マジコンをDSに差したままマジコン本体のファームウェアやOSを更新できる.:OsUp:.のv2.7がリリースされていました。【記事】

.:OsUp:. v2.7 (standard)

This homebrew allows you to update through WiFi the OS of your flashcard.
マジコンのOSをWiFi経由で更新できるHomebrewです。

All you need is an Access Point and a correct configuration for the DS connection.
無線LANのアクセスポイントを用意し、DSのWiFi設定をするだけで使えます。

To set correctly these parameters, you can use one of the commercial games that support the online playing (for example Mario Kart DS).
設定をするためにはオンラインプレイに対応している、マリオカートDSのような市販ソフトが必要です。

By now the supported flashcards are:
現在サポートしているマジコンは以下です。

– AceKard2
– AceKard RPG
– EDGE
– R4
– DSTT
– SuperCardDS One
– SuperCardDS One SDHC
– CycloDS

Changelog:
変更履歴

* by popular demand, added support for CycloDS
要望が多かったので、CycloDSをサポートしました。

* improved skinning system by adding support for .bmp file (instead of the previous .gif choice)
スキンシステムで.bmpも選べるようにしました。(以前は.gifになってました。)

* added “Save Settings” in the settings menu to save settings before update. In this way, you haven’t to re-set the OS parameters (language, skin and so on) anymore
セッティングメニューに”Save Settings”を追加し、アップデート前に設定を保存できるようにしました。これで設定値(言語やスキンなど)がリセットされずに済みます。

ダウンロードページはこちらです。
Acekard系用だけ別アプリになっています。

.:OsUp:. v2.7 (standard)

.:OsUp:. v2.7 (only for AK)

毎回PC使ってアップデートするのが面倒くさいという方にはうってつけのアプリケーションです。
対応マジコンも有名どころはサポートされています。
でもR4なんてもうアップデートないと思うんですけど。R4ナントカというパチモンはどうなんでしょうねぇ。ダメでしょうねぇ。

NES-HACKSで、DSのマジコンでのHomebrew管理に使えそうなRominatorというアプリケーションの紹介がされていました。WindowsだけでなくMacOSX用もありますので非常に重宝しそうです。【記事】

Rominator: NDS Backup Manager

If you have backup games for the Nintendo DS, you might find it hard to organize all of your games. If youre looking for a 3rd party tool to organize all of your games, Rominator might just be what you are looking for!
ニンテンドーDSのゲームのバックアップをお持ちなら全部きちんと管理するのは難しいとお考えになっていることでしょう。バックアップを管理するサードパーティー製ツールをお探しなら、Rominatorがまさにドンピシャです。

Rominator is a tool available for Mac OS X and Windows that is designed for making management and organization of your backed up Nintendo DS Games easy. It allows you to easily store your games in the application, view all of it’s information, organize the way you want, and even get them transferred over to your backup card with merely clicks of a button. To make management easy, many different features have been implemented into Rominator to enhance your experience:
RominatorはMac OS XとWindows用に開発されたツールです。ニンテンドーDSのゲームのバックアップを管理、体系化が簡単にできるように設計されたツールです。アプリケーション内にゲームを簡単に保存でき、そのファイルの情報の一覧表示と、自在な体系化、バックアップカードへの移動が可能です。簡単に管理をするためのたくさんの機能がRominatoには搭載されているので今まで以上にいろんなことができるでしょう。

・Light uncluttered interface
・Organize your game lists the way you want in as many lists desired
・Sort or filter based on game data (such as name, number, size, country, etc)
・Supports .nds, .zip, and .rz (Rominator Zip) files
・Ability to view game information
・Retail game database updated weekly
・Verify your games to make sure they will work properly
・Instant Game Trimming to cut off unused space in your games
・Save Game backup for your precious save files
・Flash Card management
・Cheat Database Updating for your flash card
And much more!
・軽快でまとまったインターフェイス
・好きなように自由にゲームをリスト化
・ゲームデータ(タイトル名、番号、サイズ、国名など)に基づき並べ替えや抽出ができます。
・.nds、.zip、および.rz(Rominator zip形式)のファイルをサポートしています。
・ゲーム情報の表示機能
・週1度のゲームデータベース更新
・正常にゲームが起動するかどうかの確認機能
・ゲームの未使用データ部分をカットするトリミング機能
・大切なセーブデータのバックアップ機能
・フラッシュカード(マジコン)の管理
・フラッシュカード(マジコン)のチートデータベース更新機能
その他いろいろ

ただし注意書きがありまして、公式サイトによると、違法な使い方はしないよう警告しています。

Please note that Rominator or it’s author does not condone or support software piracy in any way. Rominator is meant to be a tool to be used for the games you legally own and have backed up using your own tools. Please do not ask where these games can be illegally obtained; if you like the games, support the developersand purchase the games for play.
Rominator自体も作者もいかなる理由であれソフトウェア著作権侵害を認めませんし、支持もしません。 Rominatorは自分で購入したゲームを自分でバックアップした合法的なもの対して使用するべきツールです。どこで不正入手できるのですか？などという質問はしてこないでください。ゲーム好きなら、開発者をサポートするためにゲームを購入して遊んでください。

以下、ダウンロードリンクです。
Download (Windows)

Download (OS X)

本来はバックアップゲーム管理用になっていますが、ゲームのデータベース更新機能やチート管理機能など不要な機能はあるもののHomebrew管理にも十分使えそうです。

MAXCONSOLEで、DS用マジコンiTouch DSにもリアルタイムセーブ機能が実装されることを明らかにしていました。RTS機能はもう珍しくないですが、特に取り柄がなく安いだけと酷評されることが多かったiTouch DSだけに興味深いニュースだと思い取り上げてみます。【記事】

New iTouch DS firmware due next week, adds real time saves
iTouch DSの新しいファームウェアは来週登場、リアルタイムセーブ機能追加

We have just been informed that a new build of the iTouch DS firmware will be released next week and will be called the “Enhanced version of iTouchDS”. New versions of the iTouch DS will come with a new box that indicates that it is the ‘enhanced version’ due to real time saves. We’ve also been given some temporary links for the new firmware but try them at your own risk!
iTouch DSの新しいファームウェアが来週リリースされる情報が飛び込んできました。iTouch DSのエンハンスドバージョン(機能向上版)と呼ばれています。iTouch DSのニューバージョンは箱のデザインもリアルタイムセーブ機能搭載エンハンスドバージョンと記された新しいものに変わります。ニューバージョンの臨時リンク先も教えてもらいましたが、使用の際はあくまで自己責任でお願いします。

Temporary links for new firmware (Not sure if they are for public yet)
新バージョンファームの臨時リンク先(ダウンロードできる状態かどうかは現時点では分かりかねます)

http://www.simplepluseasy.com/files/fw/test/ENG_2.3b.zip

http://www.simplepluseasy.com/files/fw/test/GB_2.3b.zip

http://www.simplepluseasy.com/files/fw/test/JP_2.3b.zip

ということは、ダウンロードできればリリースされたと思ってもいいのかな？
なんにせよ、お使いの際は人柱覚悟でお願いしますね。