GBATempで、Steveice10氏がニンテンドー3DS向けのオープンソースCIAインストーラーFBIをリリースしていました。
FBIはCIA,、3DS、3DSXのバイナリが用意されていますので、環境に応じてインストールが可能(そもそもninjhaxなどインストール可能な環境は必要)です。インストールだけでなくアンインストールも可能でSDカードとNANDの両対応です。
またCIAに関してはsockfileという別のPC向けコマンドラインアプリケーション(Linux/MacOSX/Windows対応)を使ってFBIでのネットワーク経由のインストールにも対応します。同一ローカルネットワーク上にいる3DSとPC(3DSで起動させたFBIで”Y”ボタンを押すと受信待ちモードになり、PC側のsockfile(使い方はsockfile ＜ip＞ ＜file＞)で3DSに送り込むという仕様のようです)を使ったネットワークインストールです。
と3DSでPC側からインストール/アンインストールが失敗する場合にはその理由が分かる詳細をエラー出力してくれるようにもなっています。
ソースコードは
FBI: https://github.com/Steveice10/FBI
sockfile: https://github.com/Steveice10/sockfile
で公開されています。
ちなみに何故FBIという名称なのかの記載がなく、ソースコードもみてみましたがそれらしい理由が見つかりませんでした。Free Binaries Installerあたりでしょうか？
[追記]
コメントで頂きましたが、CIAとFBI(連邦捜査局)というのが最もそれらしい名前の付け方っぽいですね。